Foi através de Dom Duarte Leopoldo e Silva, Arcebispo Metropolitano de São Paulo, que as Religiosas da Congregação de Nossa Senhora – Cônegas de Santo Agostinho vieram para Santos, com a missão de abrir um colégio similar ao que mantinha em São Paulo, o Des Oiseaux. Em setembro de 1923, a Congregação efetivou a compra da casa da torre, pertencente à família Carraresi, na Av. Conselheiro Nébias, onde as “Madres”, como eram então chamadas, se estabeleceram, em janeiro de 1924. Segundo o relato de um dos filhos do casal Carraresi, essa residência deveria pertencer às Religiosas, pois Nossa Senhora lhe aparecera em sonho, dizendo: “Esta casa é minha”.
O local escolhido era próximo à praia, com uma vista maravilhosa e de fácil acesso. A paisagem era bem diferente da atual; ao redor do colégio havia apenas chácaras e chalés e se podia sentir a brisa agradável que vinha do mar. Em 17 de janeiro de 1924 foi celebrada a primeira missa na capelinha do colégio, onde hoje funciona a secretaria. O local da primeira capela grande era a atual biblioteca.
A 25 de fevereiro iniciaram-se as aulas com 30 alunas matriculadas. Em dezembro do mesmo ano, já por falta de espaço, foi comprada a “casa Carvalho”, ao lado, onde funcionou o Jardim da Infância, misto, de 1937 a 1940. Assim nasceu mais uma fundação da Congregação de Nossa Senhora – Cônegas de Santo Agostinho, no Brasil, o colégio “Stella Maris”. No início, o colégio funcionava em regime de semiinternato. Depois, de internato, que terminou por causa da 2ª Guerra Mundial, quando houve racionamento de comida.
Em 1927, fundou-se, também, no mesmo espaço, o Externato Santa Tereza, gratuito, para os filhos de operários, lavradores, pedreiros e outros, iniciando com 70 alunos. Aos poucos o colégio foi se expandindo e o prédio, como o conhecemos atualmente, com uma arquitetura eclética, foi concluído com a construção da atual Capela e do Salão de Festas. Em 1996 foi inaugurado o Centro Cultural e Poliesportivo Madre Alix, já numa arquitetura mais moderna.
Em 1966 foi fundada a Associação dos Ex-Alunos Stella Maris, que hoje conta com três obras sociais: a Creche Madre Alix, o Centro de Convivência Santa Rita e o Centro Profissionalizante Santo Antônio, atendendo quase trezentos excluídos, entre crianças, adolescentes e jovens. O Colégio Stella Maris sempre primou pela qualidade e atualidade de seu trabalho educacional. Foi pioneiro no Curso Colegial Vocacional, em Santos, em 1968. A integração social sempre foi a sua meta.
O espírito agostiniano e a pedagogia dos fundadores da Congregação de Nossa Senhora, São Pedro Fourier e Bem-Aventurada Madre Alix Le Clerc, são os inspiradores da Proposta Educacional do nosso colégio. Procurando evangelizar, de maneira concreta, trabalhamos para despertar e estimular o/a educando/a para a vivência dos valores cristãos como a verdade, a justiça, a liberdade, o respeito e a solidariedade.
Como nossos fundadores, procuramos fazer “todo o Bem possível”.